インデックスからファイルをチェックアウトする（インデックスの状態に戻す）には、下記のように実行します。

$ git checkout file.txt

コミットからチェックアウトするのではなく、インデックスからチェックアウトしていることに注意してください。 例えば、

$ git rm file.txt
$ git checkout file.txt

とすると、git rm の時点でインデックスから file.txt は消えているので、git checkout には失敗します。