Groovy の SimpleTemplateEngine クラスの機能を使用することで、ファイルコピー時にファイル内の文字列を置換することができます。

例えば、入力ファイルとして、下記のようなテンプレートファイルを用意しておきます。

input/build.properties

version=${version}
buildDate=${buildDate.format("yyyyMMdd'T'HHmmss")}

${string} という部分が動的に置換される部分です。 そこにどんな値を格納するかは、コピータスクの expand() メソッドで指定します。

build.gradle

task hello(type: Copy) {
    from 'input'
    include 'build.properties'
    into 'output'

    expand([
        version: '1.0.0',
        buildDate: new Date()
    ])
}

上記のタスクを実行すると、下記のようなファイルが出力されます。

output/build.properties

version=1.0.0
buildDate=20150630T224515