XML 全体を表す Document オブジェクトは、DocumentBuilder#parse() で取得することができます。
ここでは最初のサンプルとして、下記のような XML ファイルのルート要素 (<root>...</root>) を取得してみます。
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<root></root>
import java.io.IOException;
import javax.xml.parsers.DocumentBuilder;
import javax.xml.parsers.DocumentBuilderFactory;
import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
import org.w3c.dom.Document;
import org.w3c.dom.Element;
import org.xml.sax.SAXException;
public class DomTest {
    private static Document document;
    public static void main(String[] args)
            throws ParserConfigurationException, SAXException, IOException {
        // 引数で XML を指定
        String xmlUri = args[0];
        // XML ファイルをパースして Document オブジェクトを取得
        DocumentBuilderFactory factory = DocumentBuilderFactory.newInstance();
        DocumentBuilder builder = factory.newDocumentBuilder();
        document = builder.parse(xmlUri);
        // ルート要素を取得
        Element root = document.getDocumentElement();
        System.out.println("NodeName of root element: " + root.getNodeName());
    }
}
$ javac DomTest.java
$ java DomTest sample.xml
NodeName of root element: root