JSplitPane の分割方向は、以下のメソッドを使用することで動的に変更することができます。
void JSplitPane.setOrientation(int orientation)
JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT
JSplitPane.VERTICAL_SPLIT
// JSplitPane splitPane = new JSplitPane(...);
splitPane.setOrientation(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);