サイト内のページへのリンクを /sec1/sec2/ のように記述しておくと、デフォルトではそのまま /sec1/sec2/ へのリンクとして出力されます（つまり、baseURL からの相対パスになります）。

Hugo の設定ファイル config.toml（あるいは config.yaml）で relativeurls = true という設定を追加しておくと、各リンクが現在のページからの相対パスで出力されるようになります。

baseURL = "https://example.com/"
relativeurls = true
languageCode = "ja-jp"
title = "サンプル Web サイト"

例えば、/content/posts/sample.md というコンテンツファイル内に /about/ というリンクを記載しておくと、出力されるリンクのパスは ../about/ になります。