Android 端末に ADB 接続された状態で adb shell am force-stop コマンドを実行すると、任意のアプリケーションを強制終了することができます。
$ adb shell am force-stop com.example.myapp
adb shell 接続されている状態であれば、adb shell の部分は省略して実行します。
generic_x86:/ $ am force-stop com.example.myapp
ちなみに、インストールされているアプリのパッケージ名一覧は adb shell pm list packages で調べることができます（こちらは am じゃなくて pm コマンドであることに注意してください）。