クライアントがローカルのワークスペースに持っているファイル情報 (Have List) はサーバ上で保持されているため、ワークスペース内のファイルをローカルで直接変更した場合は、その変更をサーバに通知しなければ次回以降の sync に影響が出てしまいます。
ローカルのファイル情報をサーバに通知するには、p4 sync コマンドに -k オプションを付けて実行します。
$ p4 sync -k
あるいは、上記のエイリアスである flush を使います。
$ p4 flush
以下 p4 コマンドリファレンスから、-k オプションについての抜粋です。
-k Option
Keep existing workspace files; update the have list without updating
the client workspace. Use p4 sync -k only when you need to update
the have list to match the actual state of the client workspace.
