Android のワンショット make の仕組みでは、Android.mk に基づいてビルド処理が行われますが、下位ディレクトリにある Android.mk はデフォルトでは検索しないようになっています。
下位ディレクトリのモジュール（プロジェクト）までビルドするには、上位の Android.mk で include 処理を記述する必要がありますが、この include 処理を実行するかどうかを Make 変数で制御することにより、ビルド範囲の制御が可能です。
下記の例では、CONFIG_HOGE という Make 変数の値により、下位ディレクトリのモジュールのビルドを制御しています。
ifeq ($(CONFIG_HOGE),true)
include $(call all-subdir-makefiles)
endif