ノーマルモードから下記のように実行すると、行末にある余計なスペースをまとめて削除することができます。

:%s/\s*$//

各項目の意味

• % – すべての行を変更対象にする
• \s* – 0個以上のスペース（半角スペースやタブ）
• $ – 行末

ここでは、% を指定してすべての行を対象にしていますが、SHIFT-V のビジュアルモードで行を選択してから :s/\s*$// と入力すれば、選択した行のみを対象にでききます。