一般的なスクリプト言語と同様に、Node.js で動作させるアプリもシェバング (#!) で node コマンドを指定しておくことができます。

#!/usr/bin/env node
console.log('Hello');

あとは、.js ファイルに実行権限を付けてやれば、コマンドとして扱うことができるようになります。

$ chmod +x app.js
$ ./app.js
Hello