配列 (Object[])、Vector、Hashtable から JTree を作成した場合、デフォルトではルートノードは非表示になっています。
ルートノードを表示する場合は、JTree#setRootVisible(boolean rootVisible) で true を指定します。
tree.setRootVisible(true);
逆に、JTree のコンストラクタで TreeNode や TreeModel を指定した場合は、デフォルトでルートノードが表示されるようになっています。
その場合、ルートノードを表示しないようにするには、明示的に false を設定する必要があります。