Git はファイルの所有者情報なのどメタ情報を管理しませんが、ファイルの実行可能ビットだけは記録する ようになっています（Linux の chmod +x で付加するビット）。

例えば、Windows 上で Linux のシェルスクリプトを作成していて、Git リポジトリにコミットするときは、次のように git update-index コマンドで実行可能ビットを付加してからコミットしなければいけません。

$ git update-index --add --chmod=+x <filename>
$ git commit

Linux 上で作業する場合は、chmod +x で付加した情報が反映されるので、通常通り git add でファイルを追加するだけで OK です。