p4 sync したときにワークスペース上から空のフォルダを削除するには、クライアントに下記のオプションを設定します（p4 client で設定画面を起動）。
p4 sync
p4 client
Options: rmdir
逆に、空のディレクトリをそのままにしておく場合は以下のように設定します。
Options: normdir
