クライアントがローカルのワークスペースに持っているファイル情報 (Have List) はサーバ上で保持されているので、ワークスペース内のファイルをローカルでいぢくりまわした場合は、その変更をサーバに伝えなければ次回からの sync に影響が出てしまいます。 ローカルで持っているファイル情報をサーバに伝えるには、p4 synk コマンドを -k オプションを付けて実行します。

$ p4 synk -k

あるいは、上記のエイリアスである flush を使います。

$ p4 flush

以下 p4 コマンドリファレンスから、-k オプションについての抜粋です。

-k Option

   Keep existing workspace files; update the have list without updating
   the client workspace. Use p4 sync -k only when you need to update
   the have list to match the actual state of the client workspace.