文字列変数に対して、chomp 演算子を適用すると、末尾の改行文字を（1文字だけ）削除します。

my $text = "This is a pen.\n";
chomp($text);

標準入力 (<STDIN>) などから読み込んだ行にも改行が含まれます。 代入演算子 (assignment operator) が左結合であることを利用して、行の読み込みと改行の削除は以下のように1行で記述することができます。

chomp($answer = <STDIN>);
chomp($cwd = `pwd`);

chomp の詳細は perldoc -f chomp で調べることができます。