例えば、commands.R というテキストファイルに R のコマンドを記述してある場合、以下のようにして実行できます。
commands.R
> source("commands.R")
ファイル読み込み元となるカレントディレクトリは、getwd() で取得、setwd() で変更することができます。
getwd()
setwd()