R コマンドの実行結果はデフォルトではウィンドウ (console) 内に表示されますが、下記のようにして任意のファイルに出力先を切り替えることができます。
> sink("output.txt")
出力先をウィンドウ (console) に戻すには、パラメータ無しで以下のように実行します。
> sink()
