次のようにすると、テキストファイル input.txt の各行の行末にあるスペースを取り除くことができます。
input.txt
$ sed 's/\s*$//' input.txt
ちなみに、シェルスクリプトの中で、変数に格納したテキストの末尾のスペースを削除するには、例えば下記のようにします。
line='aaa bbb ccc ' line=$(echo $line | sed 's/\s*$//')