下記のように、config.vm.provision でシェルスクリプトを指定しておくと、仮想マシン側で任意の処理を実行することができます。

外部のシェルスクリプトファイルを実行する

Vagrantfile

Vagrant.configure("2") do |config|
  config.vm.box = "hashicorp/precise64"
  config.vm.provision :shell, path: "bootstrap.sh"
end

シェルスクリプトは、Vagrantfile があるディレクトリと同じディレクトリに置きます。

bootstrap.sh

apt-get update
apt-get install -y nginx

config.vm.provision で指定したシェルスクリプトは、仮想マシンの作成しなおしたときか、vagrant provision コマンドを実行したときに実行されます。 仮想マシンを作成しなおすには、vagrant destory と vagrant up の実行が必要なため時間がかかります。 テストで実行する場合は、vagrant provision コマンドを使用するとよいでしょう。

起動中の仮想マシンで provision 実行

$ vagrant provision

Vagrantfile に埋め込んだシェルスクリプトを実行する

下記のようにすれば、仮想マシンで実行したいシェルスクリプトを Vagrantfile ファイル内に埋め込むことができます。

Vagrantfile

Vagrant.configure("2") do |config|
  config.vm.box = "hashicorp/precise64"
  config.vm.provision :shell, inline: $script
end

$script = <<END
apt-get update
apt-get install -y nginx
END

provision 実行

$ vagrant provision

詳細なコンフィギュレーションには Ansible を使うべし

上記のように、シェルスクリプトを利用してサーバ環境のセットアップを行うものよいのですが、シェルスクリプトは、あくまで仮想マシン作成時に一度だけ実行することを前提としています。 設定を少しずつ変更しながら環境を構築していきたい場合などは、Ansible や Chef などのツールを使用するのがオススメです。 Ansible や Chef には冪統性（べきとうせい）を保証する仕組みが備わっており、試行錯誤しながら最終的なコンフィギュレーションに近づけていくことができます。